L'église fut détruite puis rebâtie, après la construction du tunnel de la Croix-Rousse, de février 1951 à mars 1952 par l'architecte des monuments historiques, Louis Mortamet. Construit en béton armé, l'ensemble dégage une belle simplicité.
Le décor intérieur, les verrières et les sculptures sont dûes au peintre Jean Coquet. La doyenne des paroisses orthodoxes russes à Lyon y est également installée depuis 1993 : la paroisse de la Protection de la Très Sainte Vierge. Elle fait partie de l'Ensemble Paroissial de Vaise.
